超算上安装lammps的步骤

仅针对中国科技云·超算云：BSCC-A 超算系统，网址为 https://scc.blsc.cn/

本来超算上有预装一些开源软件，比如 lammps，可以用 module 工具加载。最近需要一个比较新版本的 lammps，在超算里用 module avail 命令找了找，只找到下面这一个：

source /public3/soft/modules/module.sh
module load lammps/intel17/lammps-31Aug2021-public3

可是进到这个里面，发现需要的 reaxff 和 molecule 都没有装：

cd /public3/soft/lammps/intel17/lammps-31Aug2021
cd src/
make pi # lammps 查看已安装的 package 的命令

只好自己装一个了。

安装步骤

source /public3/soft/modules/module.sh
module load mpi/intel/20.0.1-new-public3
tar -zxvf lammps-stable2021.tar.gz
cd lammps-stable2021/
cd src/
make yes-basic
make mpi -j 4

友情链接：如果是在自己的电脑 linux 系统安装 lammps，可以看另一篇文。

作业脚本 sub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 1
source /public3/soft/modules/module.sh
module load mpi/intel/20.0.1-new-public3
export PATH=/public3/home/sc54074/peachrl/lammps-stable2021/src:$PATH
srun -n 64 lmp_mpi -in in.file

提交作业

sbatch sub.sh

其中 sub.sh 是你为作业脚本取的名字。

查看作业

查看当前帐号的作业运行状态

squeue

示例：

查看更详细的作业信息（包括历史作业）

sacct -u sc12345 -S 2021-11-22 -E now --field=jobid,jobname,nnodes,start,end,elapsed,state

表示查询帐号 sc12345 在2021年11月22日至今所有作业，包括完成或未完成的，需要显示的信息有作业号、作业名、节点数、开始时间、结束时间、持续时长、当前状态。如下图：

取消作业

scancel 3631557

其中 3631557 指的作业号 JOBID。

查看某帐号的储存情况

lfs quota -uh sc12345 ~

示例：