lammps 的 molecule 命令可以导入需要的分子,但是需要自己写一个含有该分子信息的 txt 文件。桃子搜集了几个可以找到很多分子各种信息的网站,纯属偶遇,可能不全面,但是总之满足桃子本人的需求了。
cactus.nci.nih.gov
https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
这个网站可以通过分子的名字或者结构得到一系列有关分子的信息。
![39b99674896ef6cef8e69b04eda3be36.png 39b99674896ef6cef8e69b04eda3be36.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/8ab79eb3726843c9b17b7a828b556dcd.png)
软件 Avogadro 中可以直接输入分子的名字导入分子,就是通过这个网站实现的。
![9df4fc73d8fc0be726a5004c55a2ae10.png 9df4fc73d8fc0be726a5004c55a2ae10.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/1e3bcc011cf444678dd6f31684631541.png)
![fdc170087392fc394712398349909273.png fdc170087392fc394712398349909273.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/b6d2f7684ae94c4598f712fb50a853e1.png)
就是这个网站有点慢,所以软件加载分子也有点随缘。
![55f7ae2e12c3e177a3e576592afbd8f0.png 55f7ae2e12c3e177a3e576592afbd8f0.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/1d6d29a60b8744f797a65aef1ea23f74.png)
atb.uq.edu.au
http://atb.uq.edu.au/index.py?tab=existing_molecules
![ffd9bf210e3f9a4be81f156134964f98.png ffd9bf210e3f9a4be81f156134964f98.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/3a15a448c9e74ea2aa2f1ced392e4731.png)
这样就可以搜到网站中存在的所有分子氧的数据:
![b0dd30560b9be0e9de7adf573711692c.png b0dd30560b9be0e9de7adf573711692c.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/d1036524c05141e5a21193684b3da386.png)
不过它说是可以下载 lammps 格式,其实是下载的 moltemplate 文件,然后自己转成 data 文件。
![11d0bfeae4d37e70ddc47c5034e9437b.png 11d0bfeae4d37e70ddc47c5034e9437b.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/adea321f101f484285e441894d3d2d8a.png)
webbook.nist.gov
https://webbook.nist.gov/chemistry/name-ser/
也可以选择按名字或者按化学式等方式搜索:
![abad841bf3032966ac2592d1b9c34dbb.png abad841bf3032966ac2592d1b9c34dbb.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/23df5d279f19494eb719f549139cdb63.png)
能够得到很全面的数据,包括光谱等很多信息。
![23653997d3b1c0f7c51d778135b1f06d.png 23653997d3b1c0f7c51d778135b1f06d.png](https://image.wanyijizi.com/img/20221230/d0f6e0d1fc5449ccafcf379e28f7ed2d.png)