LAMMPS中安装和使用KIM（Knowledgebase of Interatomic Models）

OpenKIM is an interatomic potential repository and an online framework for making molecular simulations reliable, reproducible, and portable.

以上说明来自网址：OpenKIM

前提

已安装LAMMPS

安装

查看安装方法

在LAMMPS的文件夹/home/peachrl/LAMMPS/lammps-3Mar20/lib/kim中，阅读README，得知将通过cmake进行安装。

安装cmake

1. 在CMake下载安装包。

   

2. 将安装包解压，进入cmake-3.18.0-rc2文件夹。

3. 终端输入./bootstrap

   • 若出现Could NOT find OpenSSL问题，根据提示安装OpenSSL ：apt-get install libssl-dev
4. make -j4
5. sudo make -j4 install
6. 查看安装情况cmake --version

安装kim-api

1. 进入LAMMPS中/home/peachrl/LAMMPS/lammps-3Mar20/lib/kim文件夹。
2. 下载kim-api-2.1.3。（有不同版本，具体见Obtaining KIM Models）
3. 解压到当前文件夹。
4. $ cd kim-api-2.1.3
5. $ mkdir build && cd build

6. $ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${PWD}/../../installed-kim-api-2.1.3

   • 若出现No CMAKE_Fortran_COMPILER could be found.，安装gfortran：$ sudo apt install gfortran
7. $ make -j4
8. $ make -j4 install
9. $ printf "${PWD}/installed-kim-api-2.1.3" > ./kim-prefix.txt

10. 现在可以删除压缩包和安装包了

    $ cd ../../
    $ rm -rf kim-api-2.1.3
    $ rm -rf kim-api-2.1.3.txz

    build LAMMPS with the KIM package installed

• 进入/home/peachrl/LAMMPS/lammps-3Mar20/src文件夹，重新make ubuntu（之前make过的）：

  $ make yes-kim
  $ sudo make ubuntu -j4

• 移动和改个名：

  $ mv lmp_ubuntu /home/peachrl/LAMMPS/bin/lmp4RMSPm.kim

  添加path

export PATH=/home/peachrl/LAMMPS/lammps-3Mar20/lib/kim/installed-kim-api-2.1.3/bin:$PATH

使用

==测试算例：LAMMPS自带的算例/home/peachrl/LAMMPS/lammps-3Mar20/examples/reax/CHO，将其改为使用OpenKIM。==

安装所需的KIM Model

在OpenKIM网站上找到需要的势：Sim_LAMMPS_ReaxFF_ChenowethVanDuinGoddard_2008_CHO__SM_584143153761_001

$ source kim-api-activate 
$ kim-api-collections-management install user Sim_LAMMPS_ReaxFF_ChenowethVanDuinGoddard_2008_CHO__SM_584143153761_001

改写in文件

# KIM potential for CHO system
# .....

kim_init  Sim_LAMMPS_ReaxFF_ChenowethVanDuinGoddard_2008_CHO__SM_584143153761_001  real

read_data    data.CHO
kim_interactions H C O

neighbor    2 bin
neigh_modify    every 10 delay 0 check no

fix        1 all nve
fix             3 all temp/berendsen 500.0 500.0 100.0

timestep    0.25

#dump        1 all atom 30 dump.reax.cho

run        3000

运行