LAMMPS自带的Python工具试用记录

运行环境：deepin 20.2.2；python 3.7；lammps 30Jul2021

lammps安装包自带的python工具也在/home/peachrl/lammps/tools/python目录内，有：

• log2txt.py convert thermo info in a LAMMPS log file to columns of numbers
• logplot.py plot 2 columns of thermo info from a LAMMPS log file
• dumpsort.py sort the snapshots of atoms in a LAMMPS dump file by atom ID
• dump2cfg.py convert a native LAMMPS dump file to CFG format
• dump2xyz.py convert a native LAMMPS dump file to XYZ format
• dump2pdb.py convert a native LAMMPS dump file to PDB format
• neb_combine.py combine multiple NEB dump files into one time series
• neb_final.py combine multiple NEB final states into one sequence of states

不论是直接取用还是学习python进行后处理，都是非常不错的材料。

两种方式获得Pizza.py

方式一：下载Pizza.py的安装包

解压并放到/home/peachrl/pizza目录下，其中的src文件夹在/home/peachrl/.bashrc中设置环境变量：

export LAMMPS_PYTHON_TOOLS="/home/peachrl/pizza/src"

方式二：lammps安装包内的pizza文件夹

lammps安装包/home/peachrl/lammps/tools/python目录内有个pizza文件夹，包含lammps后处理所需的文件，直接在/home/peachrl/.bashrc中设置环境变量：

export LAMMPS_PYTHON_TOOLS="/home/peachrl/lammps/tools/python/pizza"

log2txt.py

将需要处理的log文件（比如下图的log.lammps）和log2txt.py放在同一文件夹（当然也可以不放同一文件夹，写清楚路径也行）：

在终端运行：

python log2txt.py log.lammps txt.lammps

即可得到全部数据的提取：

若在终端运行：

python log2txt.py log.lammps txt.lammps Press

则提取的是Press这一列下所有数据：

logplot.py

需要先安装GnuPlot：

sudo apt-get install gnuplot

将需要处理的log文件（前文的log.lammps）和logplot.py放在同一文件夹，在终端运行：

python -i logplot.py log.lammps Time Press

得到以Time为X轴，Press为Y轴的图像：

此时终端会停留在python里：

如果需要保存成png格式的图片，可以继续输入：

>>> g('set term png')
>>> g('set output "Time-Press.png"')
>>> g.plot(x,y)

文件夹里就会出现已保存的文件。

dumpsort.py

通过dump命令输出如下图所示的文件：

与dumpsort.py放于同一文件夹内，在终端运行：

python dumpsort.py 265.txt 1 new265.txt

得到：

也就是按照命令中所输入的“1”（指ITEM:ATOM下面的第1列）进行从小到大排序。