前面有一篇文用MaterialStudio和Ovito给lammps建立data文件,但是博主桃非常穷,Material Studio软件只用得起盗版,因此这一篇文给出了另一种建模方法,用开源软件Atomsk给lammps建立data文件。

Atomsk软件的安装

系统:Deepin 20.2.2

  1. 下载安装包
  2. 解压并进入文件夹
  3. sudo bash install.sh

Atomsk的使用

Atomsk软件没有图形界面,所有操作在命令行进行。命令基本是atomsk+输入文件/mode命令+options命令+输出文件名的格式。例如生成粒子数5600共7层的石墨壁面:

atomsk --create graphite 2.464 6.711 C -orthogonal-cell -duplicate 20 10 4 -cut above 0.75*BOX z big-graphite.lmp

其中

  • --create graphite 2.464 6.711 C是我们使用的mode命令,表示以graphite晶体格式,a=2.464Å,b=6.711Å,原子种类为C原子,生成晶胞
  • -orthogonal-cell是option命令,表示将晶胞修改为正交的
  • -duplicate 20 10 4是option命令,表示将晶胞沿x、y、z方向复制20×10×4倍
  • -cut above 0.75*BOX z是option命令,表示将前面生成的模型切除z的正方向最上面占比0.25的部分
  • big-graphite.lmp最后输出文件名big-graphite,格式为.lmp(也就是lammps的data文件格式)

在终端中显示:

image-20210819104759688

查看生成的文件:

image-20210819110036133

在ovito中查看:

image-20210819104923195

非常容易。


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