运行环境:deepin 20.2.2;python 3.7;lammps 30Jul2021

lammps安装包自带的python工具也在/home/peachrl/lammps/tools/python目录内,有:

  • log2txt.py convert thermo info in a LAMMPS log file to columns of numbers
  • logplot.py plot 2 columns of thermo info from a LAMMPS log file
  • dumpsort.py sort the snapshots of atoms in a LAMMPS dump file by atom ID
  • dump2cfg.py convert a native LAMMPS dump file to CFG format
  • dump2xyz.py convert a native LAMMPS dump file to XYZ format
  • dump2pdb.py convert a native LAMMPS dump file to PDB format
  • neb_combine.py combine multiple NEB dump files into one time series
  • neb_final.py combine multiple NEB final states into one sequence of states

不论是直接取用还是学习python进行后处理,都是非常不错的材料。

两种方式获得Pizza.py

方式一:下载Pizza.py的安装包

image-20210813170748222

解压并放到/home/peachrl/pizza目录下,其中的src文件夹在/home/peachrl/.bashrc中设置环境变量:

export LAMMPS_PYTHON_TOOLS="/home/peachrl/pizza/src"

方式二:lammps安装包内的pizza文件夹

lammps安装包/home/peachrl/lammps/tools/python目录内有个pizza文件夹,包含lammps后处理所需的文件,直接在/home/peachrl/.bashrc中设置环境变量:

export LAMMPS_PYTHON_TOOLS="/home/peachrl/lammps/tools/python/pizza"

log2txt.py

将需要处理的log文件(比如下图的log.lammps)和log2txt.py放在同一文件夹(当然也可以不放同一文件夹,写清楚路径也行):

image-20210813181306806

在终端运行:

python log2txt.py log.lammps txt.lammps

即可得到全部数据的提取:

image-20210813184856077

若在终端运行:

python log2txt.py log.lammps txt.lammps Press

则提取的是Press这一列下所有数据:

image-20210813185132227

logplot.py

需要先安装GnuPlot:

sudo apt-get install gnuplot

将需要处理的log文件(前文的log.lammps)和logplot.py放在同一文件夹,在终端运行:

python -i logplot.py log.lammps Time Press

得到以Time为X轴,Press为Y轴的图像:

image-20210813190815856

此时终端会停留在python里:

image-20210813194317562

如果需要保存成png格式的图片,可以继续输入:

>>> g('set term png')
>>> g('set output "Time-Press.png"')
>>> g.plot(x,y)

文件夹里就会出现已保存的文件。

image-20210813194535719

dumpsort.py

通过dump命令输出如下图所示的文件:

image-20210813195451445

与dumpsort.py放于同一文件夹内,在终端运行:

python dumpsort.py 265.txt 1 new265.txt

得到:

image-20210813195708669

也就是按照命令中所输入的“1”(指ITEM:ATOM下面的第1列)进行从小到大排序。


非人类论坛 frlstgglonger.jpg